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橡膠樹參考基因圖譜達到染色體級

放大字體  縮小字體    發布時間:2019-12-17 10:19:16  瀏覽次數:142
核心提示:日前,由中國科學院昆明植物研究所、云南省熱帶作物科學研究所、華南農業大學基因組學與生物信息學研究中心組成的聯合研究團隊利用單分子實時測序(SMRT)和Hi-C技術,獲得達到染色體級別的高質量巴西橡膠樹優良品種GT1的參考基因組序列。

日前(qian),由中國科學(xue)(xue)院(yuan)昆明植物研(yan)究(jiu)(jiu)所(suo)、云南(nan)省熱帶作(zuo)物科學(xue)(xue)研(yan)究(jiu)(jiu)所(suo)、華南(nan)農業大學(xue)(xue)基因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)學(xue)(xue)與(yu)生物信(xin)息(xi)學(xue)(xue)研(yan)究(jiu)(jiu)中心組(zu)(zu)成的(de)聯(lian)合研(yan)究(jiu)(jiu)團隊利用單(dan)分子實時測序(xu)(SMRT)和Hi-C技(ji)術,獲得(de)達到染色體級別的(de)高質量巴西橡膠(jiao)樹(shu)優(you)良品種GT1的(de)參考基因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)序(xu)列;該研(yan)究(jiu)(jiu)歷時6年(nian),獲得(de)的(de)基因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)圖譜在組(zu)(zu)裝準確性(xing)與(yu)完整性(xing)上(shang)都得(de)到了極大的(de)提(ti)升,將(jiang)組(zu)(zu)裝獲得(de)的(de)約1.47Gb的(de)基因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)序(xu)列掛載到了18條假染色體上(shang)。

橡膠(jiao)(jiao)樹(shu)(shu)(shu)的(de)(de)(de)高產、抗病、抗旱(han)、抗寒等重(zhong)(zhong)要經濟性狀的(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)選(xuan)擇育種與優異基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)資源的(de)(de)(de)發掘(jue)利用,也(ye)亟需獲(huo)(huo)得達到(dao)染色(se)體(ti)級別的(de)(de)(de)高質量(liang)橡膠(jiao)(jiao)樹(shu)(shu)(shu)參(can)考基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)圖譜(pu)。該研究獲(huo)(huo)得的(de)(de)(de)參(can)考基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)序列是國際上首次達到(dao)染色(se)體(ti)級別的(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)參(can)考圖譜(pu),揭示(shi)大戟(ji)植物(wu)(wu)(wu)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)(de)染色(se)體(ti)進化、膠(jiao)(jiao)乳(ru)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)合(he)(he)成與橡膠(jiao)(jiao)樹(shu)(shu)(shu)的(de)(de)(de)馴化。構建了第一張代表性野(ye)生(sheng)和栽培橡膠(jiao)(jiao)樹(shu)(shu)(shu)的(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)變異精準(zhun)圖譜(pu),獲(huo)(huo)得約1570萬個高質量(liang)的(de)(de)(de)SNPs;解析了膠(jiao)(jiao)乳(ru)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)合(he)(he)成途徑及重(zhong)(zhong)要基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)表達式樣,發現與基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)礎代謝過(guo)程、乙烯生(sheng)物(wu)(wu)(wu)合(he)(he)成以及與乳(ru)膠(jiao)(jiao)停排(pai)相關的(de)(de)(de)多糖和糖蛋(dan)白凝(ning)集素活(huo)動相關基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)顯著擴張。

中(zhong)(zhong)國的(de)橡膠(jiao)(jiao)種植面積(ji)達114萬公頃,居(ju)亞(ya)(ya)洲第三位(wei)(wei)(僅次于印度尼西(xi)亞(ya)(ya)和馬來西(xi)亞(ya)(ya)),,云南的(de)橡膠(jiao)(jiao)樹種植總(zong)面積(ji)、總(zong)產量和單位(wei)(wei)面積(ji)產量均居(ju)中(zhong)(zhong)國首位(wei)(wei),但(dan)年產不足。巴西(xi)橡膠(jiao)(jiao)樹這一(yi)重要參考基因組的(de)獲(huo)得、膠(jiao)(jiao)乳生物合成代謝(xie)通路(lu)的(de)解(jie)析、栽培和野(ye)生橡膠(jiao)(jiao)樹基因組變(bian)異精準圖譜的(de)構建以(yi)及(ji)栽培橡膠(jiao)(jiao)樹馴化的(de)認識,對中(zhong)(zhong)國未來橡膠(jiao)(jiao)優異種質資源的(de)保護(hu)、發掘(jue)與育(yu)種利用具有重要意義。

 
關鍵詞: 橡膠行業動態
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